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RNA甲基化測序(MeRIP-seq)

MeRIP-seq介紹

m6A是一種常見的RNA甲基化修飾方式,研究表明它在調控基因表達、剪接、RNA編輯、RNA穩定性、控制mRNA壽命和降解、介導環狀RNA翻譯等方面扮演重要角色。伯豪生物最新開發微量MeRIP-seq技術,利用最新的去rRNA技術,可以同時檢測mRNA, lncRNA及circRNA甲基化修飾圖譜,幫助研究人員對RNA轉錄后甲基化修飾圖譜進行全面研究,是表觀轉錄組研究的關鍵技術。最值得關注的是微量MeRIP-seq技術通過技術優化,大幅降低MeRIP的樣本起始要求量,僅1-20μg總RNA即可滿足實驗要求。


伯豪特色

1. 樣本處理:樣本處理經驗豐富

2. 質控管理:ISO9001認證,Illumina CSPro認證

3. 數據分析:學術界權威算法和流程;全面的分析內容;靈活的定制分析


技術參數

1. 物種信息:人、大鼠、小鼠

2. 樣本要求: 組織質量為10-20mg

                     

3. 測序模式:illumina Hiseq PE150

4. 推薦數據量:≥6Gb/樣本


服務流程

實驗設計——抗體富集——文庫構建——測序——數據分析


數據分析

 

數據分析內容列表

 

參考文獻

 

為了研究m 6 A mRNA甲基化在細胞增殖和腫瘤發生中的作用,作者研究了在甲基轉移酶復合物(METTL14)存在R298P熱點突變的子宮內膜癌。作者發現約70%的子宮內膜腫瘤患者表現出m 6 A甲基化的減少,推測這可能是由于METTL14突變(m6A的writer)或METTL3(m6A的writer)的表達降低所致。上述變化通過激活AKT途徑導致子宮內膜癌細胞的增殖和腫瘤發生機率增加。減少m 6 A甲基化導致降低AKT通路中的起負調控作用PHLPP2的表達和AKT通路正調節因子mTORC2的表達。總之,這些結果揭示了m 6 A mRNA甲基化減少是子宮內膜癌中的致癌機制,并確定了m 6 A甲基化可作為AKT信號傳導的調節劑。


研究思路

 

結果展示

 

圖1 AKT通路相關基因中腫瘤組織相對正常組織m6A低甲基化

 

圖2 m6A低甲基化介導AKT通路促進癌癥發生的機制:m6A甲基化通常通過促進m6A依賴的PHLPP2翻譯和m6A依賴的mTORC2亞基轉錄本降解來減弱AKT通路活性。PHLPP2磷酸酶的上調和mTORC2激酶的下調均通過維持AKT的去磷酸化而抑制AKT活性。m6A甲基化的減少破壞了這些轉錄本的調控,導致PHLPP2表達降低,mTORC2表達增加,AKT活性增加。

 

參考文獻

Liu J, Eckert M A, Harada B T, et al. m 6 A mRNA methylation regulates AKT activity to promote the proliferation and tumorigenicity of endometrial cancer[J]. Nature cell biology, 2018, 20(9): 1074.

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