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文章集錦 | 3 月單細胞測序文章在這里!

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三月份單細胞高分文獻匯總

三月份單細胞測序相關文獻共收集到 33 篇(IF>9),文末表中列出文獻發表期刊、研究方向和技術平臺等信息,接下來先看看其中 6 篇。


【標題】在單細胞水平上構建人類細胞圖譜

【平臺】Microwell-seq

【期刊】Nature(IF=43.1)

【時間】2020-03-25  

【摘要】單細胞分析是研究復雜系統中細胞異質性的重要工具。然而,一個完整的單細胞圖譜還沒有被用于人類。研究人員使用單細胞 mRNA 測序來確定所有主要人體器官的細胞類型組成,并構建了一個人類細胞圖譜(HCL) 方案。研究人員揭示了許多組織的單細胞層次結構,但這些組織的特征還不清楚。研究人員建立了一個“單細胞 HCL 分析”流程,幫助定義人類細胞身份。最后,研究人員對人類和小鼠的圖譜進行了單細胞比較分析,以揭示保守的遺傳網絡。研究人員發現,干細胞和祖細胞表現出很強的轉錄隨機性,而分化的細胞則更加明顯。本文的研究為人類生物學提供了寶貴的資源。



【標題】保守的樹突狀細胞調節程序限制抗腫瘤免疫

【平臺】10X【期刊】Nature(IF=43.1)

【時間】2020-03-25

【摘要】檢查點阻斷療法改善了癌癥治療,但這種免疫治療方案在很大一部分患者中失敗。傳統的 1 型樹突狀細胞(DC1s)在臨床前模型中控制對檢查點阻斷的反應,并與癌癥患者更好的總體生存率相關,反映了這些細胞啟動 CD8+ T 細胞 1 - 3 反應的特殊能力。然而,矛盾的是,在抵抗檢查點阻斷的腫瘤中可以發現 DC1,這表明這些細胞的功能可能在某些病變中發生改變。在這里,利用人類和小鼠非小細胞肺癌中的單細胞 RNA 測序,作者鑒定了一組樹突狀細胞(DC),稱之為“富含免疫調節分子的成熟樹突狀細胞”(mregDCs),因為它們共同表達免疫調節基因(Cd274、Pdcd1lg2 和 Cd200)和成熟基因(Cd40、Ccr7 和 Il12b)。同時發現 mregDC 程序在腫瘤抗原攝取后由典型的 DC1s 和 DC2s 表達。作者進一步發現,mregDCs 中一個關鍵的檢查點分子程序性死亡配體 1 蛋白的上調是由受體酪氨酸激酶 AXL 誘導的,而白細胞介素(IL-12)的上調嚴格依賴于干擾素 -γ,并受 IL- 4 信號的負性控制。阻斷 IL- 4 可增強攜帶 mregDC1s 的腫瘤抗原產生 IL-12,擴大腫瘤浸潤效應 T 細胞池,減輕腫瘤負擔。因此,作者發現了一個與腫瘤抗原攝取相關的調節模塊,它降低了人類和小鼠癌癥中 DC1 的功能。



【標題】從成體 Procr+ 祖細胞培養獲得胰島類器官

【平臺】10x

【期刊】Cell(IF=36.2)

【時間】2020.03.19

【摘要】體外制造功能性 β 細胞通常是具有挑戰性的。本文中,研究人員通過單細胞 RNA 測序(scRNA-seq),描述了一種以前未被識別的成年小鼠胰腺蛋白 C 受體陽性(Procr+) 細胞群。這些細胞存在于胰島,不表達分化標記物,具有上皮 - 間質轉化的特征。通過遺傳譜系追蹤,Procr+ 胰島細胞克隆擴增,并在成年期產生所有四種內分泌細胞類型。分選后的 Procr+ 細胞,占胰島細胞總數的 1%,在克隆密度下培養時可穩定地形成胰島類器官。通過連續傳代,可以在較長時間內保持指數擴增,而在培養的任何時間點都可以誘導分化。在分化胰島器官中,β 細胞占主導地位,而 α、δ、PP 細胞發生在較低的頻率。類器官對葡萄糖有反應并分泌胰島素。在糖尿病小鼠移植后,這些器官逆轉了疾病。這些結果表明,成年小鼠胰島含有 Procr+ 內分泌祖細胞群。



【標題】小膠質細胞以 IL- 6 依賴的方式再生促進大腦修復

【平臺】10x(ST)

【期刊】Cell(IF=36.2)

【時間】2020.03.05

【摘要】認知功能障礙和反應性小膠質細胞是創傷性腦損傷(TBI) 的標志,然而這些細胞是否會導致認知功能障礙和繼發性炎癥病理仍然知之甚少。本文中,研究人員證明了從小鼠大腦中去除小膠質細胞對 TBI 的結果幾乎沒有影響,但是通過藥理學或遺傳學方法誘導這些細胞的周轉可以產生一種神經保護的小膠質細胞表型,這將極大地幫助恢復。這些新生小膠質細胞的有益作用嚴重依賴于通過可溶性 IL- 6 受體(IL-6R) 傳遞白介素 -6 (IL-6) 信號,并有力地支持成體神經發生,特別是通過增加直接支持認知功能的新生神經元的存活。研究人員的結論是,在哺乳動物的大腦中,小膠質細胞可以被控制成一種神經保護和前再生表型,可以幫助修復和減輕由腦損傷引起的認知缺陷。



【標題】單細胞轉錄組分析揭示了經典霍奇金淋巴瘤腫瘤微環境中疾病定義 T 細胞亞群

【平臺】10x

【期刊】Cancer Discovery(IF=26.4)

【時間】2020-03

【摘要】霍奇金淋巴瘤的特點是具有廣泛優勢的腫瘤微環境(TME),由不同類型的非癌性免疫細胞和罕見的惡性細胞組成。細胞成分及其空間關系的特征對于理解 TME 中的串擾和治療靶向至關重要。研究人員對來自 22 個霍奇金淋巴瘤組織標本和 5 個反應性淋巴結的 127,000 多個細胞進行了單細胞 RNA 測序,首次以單細胞分辨率描繪了霍奇金淋巴瘤特異性免疫微環境的表型。單細胞表達譜鑒定了一個新的霍奇金淋巴瘤相關的 T 細胞亞群,該亞群具有顯著的抑制性受體 LAG3 的表達,功能分析證實了 LAG3+ T 細胞群作為免疫抑制的中介。對微環境中免疫細胞的多方面空間評估也顯示,在 MHC Ⅱ類缺陷腫瘤細胞的附近,LAG3+ T 細胞增加。研究人員的發現為 TME 生物學提供了新的見解,并為霍奇金淋巴瘤的免疫檢查點靶向提供了新的方法。


【標題】單細胞 RNA 測序揭示乳腺癌轉移的轉錄多樣性和生物能量轉移

【平臺】Smart-seq2

【期刊】Nature Cell Biology(IF=17.7)

【時間】2020.03.06

【摘要】雖然轉移仍然是大多數癌癥相關死亡的原因,但遠端組織的擴散機制尚不清楚。本文中,研究人員建立了一種可靠的方法,利用單細胞 RNA 測序和乳腺癌患者衍生的異種移植模型,來識別在傳播期罕見轉移細胞的整體轉錄組改變。研究人員發現原發腫瘤和微轉移均表現出轉錄異質性,但微轉移在病人衍生的異種移植模型中存在一個獨特的轉錄機制,該機制可高度預測病人的不良生存期。通路分析顯示,線粒體氧化磷酸化是微轉移中上調的主要通路,而原發性腫瘤細胞中糖酵解酶水平較高,研究人員通過流式細胞術和代謝組學分析證實了這一點。氧化磷酸化的藥理學抑制顯著減弱了肺轉移性播散,這表明了氧化磷酸化在轉移中的功能重要性,并突出了其作為一個治療靶點的潛力,以防止乳腺癌患者的轉移性擴散。


下表列出 33 篇文獻信息,一起看看有沒有您關注的研究方向,可提供相關原文。


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